2013年3月，我校根据教学、科研及学校发展的需要，组建了南海文化博物馆筹备组， 2014年12月博物馆正式成立。南海文化博物馆属高校博物馆，是以教育、研究、欣赏为目的，利用学校所收藏的文物、标本、资料等文化产品举办专题展览并向公众开放，致力于服务高等教育发展和社会文化发展的公益性机构。
博物馆展厅总面积2700平米，文物展品二千多件套，目前设有黎族文化展厅、海洋展厅、海上丝绸之路古瓷文化展厅和深海大洋展厅四个主题展厅。展览设备和安保设施俱全。
2014年11月，南海文化博物馆被评为首批海南省社会科学普及示范基地；2016年11月，南海文化博物馆被评为全国社会科学普及示范基地；2017年6月，南海文化博物馆被评为全国大中城市社科组织先进单位。南海文化博物馆是目前海南省唯一获准加入全国高校博物馆联盟的高校博物馆。
2016年南海文化博物馆被评为全国社会科学普及示范基地
博物馆创办之初，定下“边展览边建设”的方针，以“海洋”和“民族”作为办展的两大主题。在办展过程中，专业队伍逐渐成长，目前已形成以博物馆为主，馆内馆外相结合的一支十余人专业团队，先后培养了200多位学生讲解员。博物馆现设办公室、展宣部、保管部三个部门，目前共有9名工作人员。
南海文化博物馆充分利用区位优势，立足海南省，挖掘和展示海南本土文化，依托高校深厚的科研能力及先进的管理水平，力图解构交织着的文化脉络，尤其是环南海各国各地区的文化、经济、政治、历史等方面，以图片、文字、实物的形式将不同的主题一一呈现出来，一个独具特色的高校博物馆在蓬勃发展中逐渐成形。 
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